绍兴柯桥越甲足球俱乐部前身是1988年成立的大连铁路队。1996年,毅腾集团正式接手球队。1997年,大连毅腾与降回乙级的大连顺发足球俱乐部合并。同年毅腾队离开大连,第一次将主场迁至外地,队名更名为鞍山毅腾连铁队。
1999年,有望冲入甲B联赛的球队遭遇“69事件”,在抽签中失去冲甲机会。俱乐部将毅腾一、二线队转售给大连实德足球俱乐部,一度退出了足坛。
2005年,球队重建并复出,俱乐部将主场迁往黑龙江省哈尔滨市,并更名为大连毅腾足球俱乐部,重新进入职业联赛。2006年,球队取得中国足球乙级联赛亚军,成功返回中国足球甲级联赛。
2008年,球队将主场迁往烟台,并更名为大连毅腾足球俱乐部烟台毅腾飓风队,在当季球队排名垫底,再次降级到中乙联赛。2009年,球队迁回大连,重新易名为大连毅腾。
2011年,球队迁回哈尔滨市,球队更名为大连毅腾足球俱乐部哈尔滨松北毅腾队。同年,获得中乙联赛冠军,时隔三年后重返中甲联赛。
2013年,毅腾俱乐部正式更名为哈尔滨毅腾足球队,并获得中甲联赛亚军,队史首次升入中国足球超级联赛。
2014,哈尔滨毅腾取得5胜6平19负,积21分,不幸降级。
2016年,由于俱乐部内部原因和自身发展需要,俱乐部迁至浙江省,迁移主场至浙江绍兴。
2019年2月1日,中国足协公示2019赛季中超、中甲、中乙三级联赛获得准入资格的俱乐部名单。毅腾因基地未符合标准,失去中甲准入资格,目前在参加中乙联赛。2021年浙江毅腾改名为绍兴柯桥越甲。